Klubaren jatorria 1965. urtean aurkitzen da, Donostia Arraun Lagunak izenpean. Hasieran Universitarios Arraun Lagunak izena zuen, eta Donostia-San Sebastián hirian arraun olinpikoa sustatzeko eta garatzeko helburuarekin sortu zen.
Bere hasierako egoitza Mundaiz ikastetxeko instalazioetan izan zen, eta unibertsitateko ikasle donostiar talde batek sortu zuen, kirol honekiko erakartuta. Sortzaileen artean José Mari Lacoste, Javier Aramendi eta Josetxo Fdez Vaqueriza daude, besteak beste. Unibertsitate-ikasketak amaitzean, kluba berriro eratu zuten, eta Arraun Lagunak izena hartu zuen. Bi urte geroago, arraunlari kopuruak gora egin zuen, eta instalazio berrien beharra sortu zen; horregatik, 1972tik gaur egun arte egoitza den Lugañene baserrira lekualdatu zen.
Urte askotako lan gogorraren ondoren, klubeko arraunlariak Espainiako selekziora iritsi ziren, eta munduko txapelketetan eta Olinpiar Jokoetan parte hartu zuten. Arrakasta aipagarrien artean, 1983. urtean 8+ senior arin munduko txapelduna izatea dago, Arraun Lagunakeko bi arraunlari, Benito Elizalde eta Eulogio Genovarekin. Halaber, Espainiako Txapelketetan garaipen ugari lortu zituzten, bai emakumezkoen zein gizonezkoen kategorietan, banku mugikorreko modalitate ezberdinetan.
1996. urtean, Arraun Lagunak eta banku finkoko Donosti arraun kluba batu ziren, eta DONOSTIA ARRAUN LAGUNAK izena hartu zuen, klubak gaur egun arte mantendu duen izena.
Batasun horren ondorioz, Donostia Arraun Lagunak klubaren palmaresra hainbat arrakasta gehitu zitzaizkion, eta bere traineruarekin 1992ko Espainiako eta Euskadiko txapelketak irabazi zituen. Urte batzuk geroago, mende amaieraren aurretik, emakumezkoen banku finkoan ere nabarmentzen hasi zen kluba, Euskal Herriko eta Gipuzkoako txapelduna izanik 1998an eta 1999an, eta Espainiako hirugarren eta txapeldunordea 1998 eta 1999an, emakumezkoek lehiatu ahal zuten modalitate bakarrean: batela.
2007. urtean, gizonezkoen traineruak ARC1 kategorian zuen lekua utzi zuen, Donostiarra proiektu bateratuaren alde. Proiektu horrek Ur Kirolak kluba, Donostiako Udala eta Donostia Arraun Lagunak biltzen zituen, hiria ordezkatzeko helburuarekin.
2015. urtean, klubaren 50. urteurrena ospatzearekin batera, klubak emakumezkoen trainerua ateratzea erabaki zuen, eta Ekain Iriarte eta Patxi Olaberen gidaritzapean Gipuzkoako Emakumeen Ligan lehiatzen hasi ziren. Bi urtean emakumezkoen traineruak play-offean sailkatzea lortu zuen, Euskotren Liga maila gorenean lehiatzeko, eta 2024. urte honetan bertan zortzigarren urtez parte hartzen ari dira jarraian.
2021ean, Euskotren Ligan bosgarren aldiz parte hartuta, oso liga berdindua izan zen, eta bi tripulazio nagusien artean lehia bizia izan zen. Donostiarrek 39 puntu lortu zituzten, Orio Orialkirekin berdinduta, baina Donostia Arraun Lagunak sei garaipen lortu zituen, Orio taldearen bost garaipenen aurrean, eta horri esker Euskotren Liga irabazi zuten lehen aldiz, Donostiako tripulazio batek lortutako lehen aldiz.
2022ko denboraldian, donostiarrek aurreko denboraldiko tituluak errepikatu nahi zituzten. Bi garaipen lortu zituzten arren, ez zuten ligako titulua errepikatzerik izan, eta sailkapen nagusian bigarren postuan amaitu zuten, Orio Orialki garailearengandik 11 puntura, eta hirugarren sailkatu zen Kaiarriba Donostiarra taldetik 20 puntura.
2023ko denboraldian, aurreko denboraldiko irregularitateak zuzenduta, berriro Euskotren Liga irabazi zuten, lehen aldiz 8 tripulaziorekin lehiatuta. 5 bandera, 7 bigarren postu eta hirugarren postu batekin, Zarautzko Ikurriña eta ligako txapeldun garaikurra eskuratu zituzten, 95 puntu lortuta, bigarren sailkatu den Orio Orialkirekin 9 puntuko aldea eta hirugarren izan den Kaiarriba Donostiarra taldearekin 16 puntuko diferentziarekin.
